2016年5月，洁净能源国家实验室建设组建方案通过院长办公会审议。

  2017年7月，完成了重大任务局内部的组织与论证程序、通过院推进深化改革工作小组审议、通过院长办公会审议。

  2017年10月，发布《关于批准筹建深海技术等6个创新研究院的通知》，批准筹建洁净能源创新研究院。

  依托大连化学物理研究所，筹建洁净能源创新研究院，筹建期自2017年8月至2019年12月。

  2018年6月19日, 洁净能源创新研究院第一届理事会成立大会及”变革性洁净能源关键技术与示范”先导科技专项启动会召开。